In den 2500 Jahre alten Sanskrit-Sutras wird die ursprüngliche Tradition von REIKI erwähnt. Ende des 19. Jahrhunderts fand Dr. Mikao Usui (1865-1926), ein japanischer Mönch, in alten Schriften die ersten Hinweise auf REIKI. Dr. Mikao Usui stellt sich ehemals der Herausforderung seiner Studenten, die wissen wollten wie "Christus heilte". Er studierte jahrelang Bücher und Schriften über Heilkunde in der ganzen Welt. Nachdem er mit seinen Ermittlungen fast abgeschlossen und immer noch nichts Passendes gefunden hatte, begab er sich 1922 zum Fasten auf einen heiligen Berg in der Nähe Kyotos. In der Nacht zum einundzwanzigsten Tag sah er am Himmel ein helles Licht, das ihn einhüllte und er "entdeckte" die richtige Anwendung der Symbole und deren verantwortungsvollen Verwendung.

Am darauffolgenden Morgen stiess er mit seinen Fuss an einem Stein so das blutete. Als er seine Hände auf die Wunde legte, wurde die Blutung gestillt. Am gleichen Tag behandelte Usui erfolgreich die Zahnschmerzen einer Frau. Seitdem wird Reiki von Lehrer zu Schüler durch Initiation (man unterscheidet verschiedene Grade) weitergegeben und nur mündlich überliefert.

Es wird vermutet, dass über 99% der heute Reiki Praktizierenden aus der Linie Usui-Hayashi-Takata stammen. Die Verbreitung von Reiki im Westen geht insbesondere auf Frau Takata zurück, die die einzige Reiki-Meisterin (Meister heisst hier „Lehrbefähigter”) im Westen war, bis sie gegen Ende ihres Lebens 22 weitere Meister ausbildete.

Die tatsächliche Herkunft von Usuis System ist ungeklärt, nur wenige unabhängige Dokumente existieren über die Ursprünge und Einflüsse. Es gibt jedoch oberflächliche Ähnlichkeiten zum chinesischen Taoismus und zu buddhistischen Philosophien bei Form und Namen der Reikisymbole. Die Reikilehre beinhaltet jedoch nicht die essentielle buddhistische Lehre der Drei Daseinsmerkmale (dukkha, anicca, anatta) und kann daher nicht als solche gelten.

Ob Reiki nun tatsächlich durch übernatürliche Eingebung empfangen, wiederentdeckt oder aus verschiedenen Ursprüngen von Usui und seinen Anhängern zusammengestellt wurde, kann aufgrund der mangelnden Dokumentation nicht endgültig geklärt werden.

Dr. Usui arbeitete bis in die Mitte der 20er Jahre in ganz Japan. Er nannte die wiederentdeckte Heilmethode "Das Usui-System der natürlichen Heilung". Erst seit den 70er Jahren ist REIKI in der westlichen Welt verbreitet und heute hat REIKI viele Freunde auf der ganzen Welt.